Хуан Карлос Онети е роден на 1 юли 1909 г. в Монтевидео.
Баща му се казвал Карлос Онети , а майка му – Хонория Борхес (от семейство Борхес , кръстено на аржентинския писател). Имал по-голям брат и по-малка сестра. В младостта си работил на различни места, за да оцелява, повечето от които не били свързани с литературата. Оженил се за братовчедка си, развел се няколко години по-късно и се оженил за друга (по-млада) братовчедка.
Но нищо от това не се появява в неговата работа, или с други думи, всичко това се появява в неговата работа, но по толкова сложен и преработен начин, че е невъзможно да се разграничат реалните събития от сънищата.
Той живял сив живот между Монтевидео и Буенос Айрес , но основал град, наречен Санта Мария , с който станал известен.
От първия му брак се ражда синът му Хорхе Онети Борхес . От третия му брак с Елизабет Мария Пекелхаринг се ражда дъщеря му Исабел Мария (Лити).
През 1950 г. той публикува „Краткият живот“ – шедьовър, чието значение може никога да не оценим напълно.
Онети е писател, който (както често се случва с музиканти, възхищавани почти изключително от други музиканти) е ценен само от малцинство читатели. Много може да се каже за това, но отвъд подобни размисли, ограничената популярност на Онети е житейски факт.
През 1955 г. Онети се жени за Доротея Мур , която е до него до края.
От неговата работа се открояват: El pozo (1939), La vida breve (1950), Los adioses (1954), корабостроителницата (1961), така страшният ад и други истории (1962), Juntacadáveres (1964) , Нека вятърът (1979).
През 1975 г., поради установената в Уругвай диктатура , Онети заминава за изгнание в Мадрид , където прекарва последните години от живота си, почти не напускайки леглото си...
През 1980 г. получава наградата „Сервантес“ и оттогава нататък получава известно международно признание.
През 1993 г. публикува последния си роман „ Когато вече няма значение“.
Той почина на 30 май 1994 г. Можем само да се надяваме, че непубликуван материал остава ...